Проблема функциональных нарушений пищеварительной системы всегда волновала детских гастроэнтерологов, справедливо полагавших, что у детей значительная часть желудочно-кишечных расстройств связана не с органическим поражением того или иного органа пищеварения, но с нарушением его функции, скорее всего, вследствии нарушения ее регуляции. В частности, т.н. рекурентные абдоминальные боли у детей носят функциональный характер у 90-95% детей и лишь у 5-10% связаны с органической причиной [13]. Примерно в 20% случаев хроническая диарея у детей также обусловлена функциональными расстройствами [5]. В последние десятилетия, если ориентироваться на число публикаций по данному вопросу, интерес к функциональным нарушениям нарастает в геометрической прогрессии. Простой анализ числа публикаций по функциональным нарушениям, отображенных в базе данных Национальной Медицинской Библиотеки США, хорошо известной как Medline, показал, что с 1966 по 1999 г число статей по этой тематике за каждое десятилетие удваивалось. При этом, увеличение числа публикаций, относящихся к детскому возрасту, имело ту же тенденцию, стабильно занимая примерно одну четвертую часть от общего числа статей.
 
Согласно определению функциональных нарушений, сформулированному ведущим американским специалистом в этой области D.A.Drossman (1994) [4], таковыми можно считать разнообразная комбинация гастроинтестинальных симптомов без структурных или биохимических нарушений.
В терминологическом плане следует дифференцировать функциональные нарушения и нарушения функции, два созвучных, но несколько различных понятия, теснейшим образом свзанных между собой. Нарушение функции того или иного органа может быть связано с любой причиной, в т.ч. и с органическим его повреждением. Функциональные нарушения, в этом свете, можно рассматривать как частный случай нарушения функции органа, не связанного с органическим его повреждением.
 
Основными физиологическими процессами (функциями), проистекающими в желудочно-кишечном тракте, являются: секреция, переваривание, всасывание, моторика, активность микрофлоры и активность иммунной системы. Соответствено, нарушениями указанных функций являются: нарушения секреции, переваривания (мальдигестия), всасывания (мальабсорбция), моторики (дискинезии), состояния микрофлоры (дисбиоз, дисбактериоз), активности иммунной системы. Все перечисленные дисфункции связаны между собой через изменение состава внутренней среды и если в начале заболевания может иметь место нарушение только одной функции, то по мере прогрессирования нарушаются и остальные. Таким образом, у больного, как правило, нарушены все функции желудочно-кишечного тракта, хотя степень этих нарушений различна.

Когда речь идет о функциональных нарушениях как нозологической единице, обычно подразумеваются нарушения моторной функции, однако вполне правомерно говорить о других функциональных нарушениях, например, связанных, с нарушениями секреции.